제자국제크리스천학교는 고학년을 중심으로 학생회를 조직하여 교내에서 운영되는 여러 일을 학생 스스로 결정하고 집행하도록 하고 있으며 이러한 활동들은 Leadership을 키우는데 많은 도움이 됩니다. 나아가 이러한 활동들은 대학 진학에도 이점으로 작용합니다.